セムリキ国立公園は、ルウェンゾリ山脈の西側、人里離れたセムリキ渓谷の谷底に広がっている。公園の大部分は、コンゴ盆地の広大なイトゥリ森林の最東端にあたる地域である。ここはアフリカで最も古く、生物多様性に富んだ森林の一つであり、1万2000年から1万8000年前の最終氷河期を生き延びた数少ない森林の一つでもある。